Po výhře jednotek X-Com nad cizáky před několika lety zabitím velkého mozku na marťanské základne zvané cydónia se mimozemská aktivita přesunula pod mořskou hladinu.
Zničení mozku zapnulo paprsek, který aktivoval podmořské zárodky cizákú a ty se začaly vyvíjet, zatím co nic netušící lidstvo oslavovalo. V roce 2040 lidstvo konečně dospělo k poznání, že planeta Země je ve vesmíru pouze jedna, a proto je sebevražedné ji ničit nesmyslnými válkami a znečišťováním životního prostředí. Po fiasku myšlenky řídit všechny národy světovými organizacemi OSN a NATO se většina existujících zemí spojila do velkých společenství jako Euro-Syndicate, Scandinavia, Asian Coalition a jiné. Naprosto neočekávaně však byl klid zbraní na Zemi přerušen brutálním způsobem. Za velkou luxusní námořní lodí HYPERION se náhle vynořila z vody mimozemská nepřátelská ponorka a okamžitě ji poslala ke dnu. Lidstvo okamžitě začalo připravovat protiútok. Jako jediná možná alternativa se jevila odvržená podmořská prototypová základna X-Com, která byla v úsporném chodu už 30 let. Na místo katastrofy byla okamžitě vyslána ponorka typu Barracuda. Boj proti mimozemšťanům začal.
Na začátku hry je k dispozici jedna běžně vybavená základna, dvě útočné ponorky, hrstka vědců, mechaniků, pár vojáků z námořnictva mnoha zemí se základním vybavením a finanční podpora vlád všech společenství světa. Nepřítelem lidstva je neznámá vysoce technicky vyspělá civilizace z hlubin oceánů.
